Después de ocho años de existencia, y sobre todo con motivo del ascenso a División de Honor del primer equipo, el Fútbol Sala Zamora ha comenzado un trabajo de cantera que espera culminar a medio-largo plazo para, en un futuro, poder nutrir a la primera plantilla de jugadores de la casa.

A día de hoy, el FS Zamora posee cinco equipos propios, además algunos convenios de colaboración con otros clubes de la provincia. Dos equipos de prebenjamines, uno de benjamines y otro de alevines, además del conjunto que está en División de Honor, son el quinteto de equipos que conforman el club.

Esta temporada se ha creado la figura del encargado de la cantera, un puesto que ocupa Luis Miguel Merchán, que trata de coordinar a todos los jóvenes valores que están en las filas del FS Zamora. El objetivo prioritario es tratar de salvar el enorme vacío que existe en el fútbol sala provincial, en donde las ligas locales no tienen competición desde infantiles hasta senior.